バイオテクノロジー関連の推薦リンク集－解析ツール－

TOP >> バイオテクノロジー関連の推薦リンク集 >> 解析ツール

バイオテクノロジー関連の推薦リンク集－解析ツール－

【データベース｜データベースリソースセンター｜解析ツール｜文献検索｜用語集・辞書｜お勧めリンク集｜研究支援】

解析ツール
分類	名称・URL	コメント
ホモロジー検索	日本DNAデータバンク http://www.ddbj.nig.ac.jp/ Welcome-j.html	国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ　研究センター内で運営。 BLAST、FASTA、SSEACHなどの多くの解析ツールがあります。
ホモロジー検索	EMBL-EBI http://www.ebi.ac.uk/embl/	BLAST、FASTA、Smith＆Watermanなどの多くの解析ツールがあります。
ホモロジー検索	GenBank-NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/	BLASTなどの他に、ORF予測ツールなどの解析ツールがあります。
ホモロジー検索	GenomeNet http://www.genome.jp/	京都大学　化学研究所　バイオインフォマティクスセンターが運営。 BLAST等の他に、化合物、糖鎖に関するツールなど多くの解析ツールがあります。
プライマーデザイン	Primer3 http://frodo.wi.mit.edu/ cgi-bin/primer3/ primer3_www.cgi	NIH(National Institutes of Health)等が共同で開発したプライマーデザインサイト。詳細な条件設定ができる。
プライマーデザイン	Web Primer http://seq.yeastgenome.org/ cgi-bin/web-primer	SGD(Saccharomyces Genome Database)が運営
プライマーデザイン	CODEHOP http://blocks.fhcrc.org/ codehop.html	アミノ酸配列からプライマーを設計する専門サイト
プライマーデザイン	PrimerQuest http://scitools.idtdna.com/ Primerquest/	IDTが運営。 Basic、Standard、Advanceと目的に応じて解析項目を選択できるのが便利。
プライマーデザイン	GeneFisher http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher/	シンプルなページ構成で使いやすい。
RNAi＆siRNA デザイン	siDirect http://design.rnai.jp/	新バージョンになり、mRNAセットの種類がヒト、マウス以外にも増えた。
RNAi＆siRNA デザイン	siRNA at Whitehead http://jura.wi.mit.edu/ bioc/siRNAext/	ユーザー登録が必要だが、解析データは見やすいフォーマット。
RNAi＆siRNA デザイン	siRNA selector http://hydra1.wistar.upenn.edu/ Projects/siRNA/siRNAindex.htm	設定項目のバランスはいいのでは。
RNAi＆siRNA デザイン	siSeach-siRNA design http://sonnhammer.cgb.ki.se/ siSearch/siSearch_1.7.html	詳細設定が多岐にわたり、細かい解析が出来ると思われる。
RNAi＆siRNA デザイン	RNAi Design http://www.idtdna.com/ Scitools/Applications/ RNAi/RNAi.aspx/	Basic、Standard、Advanceと目的に応じて解析項目を選択できるのが便利。
ORFの予測	ORF Finder http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ gorf/	NCBI（National Center for Biotechnology Information）が運営するサイト。
Exon領域予測	GrailEXP http://compbio.ornl.gov/ Grail-1.3/	ORNL(Oak Ridge National Laboratory)が運営するサイト。 Exon領域予測の他にも様々な解析ツールがある。
Exon領域予測	GeneMark http://opal.biology.gatech.edu/ GeneMark/	バクテリア・真核生物・ウイルスなどの生物種を選んで領域予測が可能。
Exon領域予測	GENE FINDER http://www.bioscience.org/urllists/ genefind.htm	FBS(Frontiers in Bioscience)が運営するサイト。解析ツールの他に、FBSの論文検索も出来る。
Exon領域予測	GENSCAN http://genes.mit.edu/ GENSCAN.html	ABIのGENESCANではないので注意。
Exon領域予測	NetPlantGene http://www.cbs.dtu.dk/ services/NetPGene/	シロイヌナズナのスプライスサイト検索ページ
Exon領域予測	SplicePredictor http://bioinformatics.iastate.edu/ cgi-bin/sp.cgi	ISU(Iowa State Univercity)が運営する、バイオインフォマティクス専用サイト。 Exon領域予測以外にも解析ツールがそろっている。
Exon領域予測	FramePlot http://www.nih.go.jp/ ~jun/cgi-bin/frameplot.pl	GC含量が高いバクテリアのcoding region予測サイト。
Exon領域予測	GeneHacker http://www-btls.jst.go.jp/ GeneHacker/	GeneHackerは原核生物の未知ゲノム配列に対して、遺伝子領域の予測を行なうシステムです。
制限酵素解析	WWWtagc http://athena.bioc.uvic.ca/ tacg3/tacg300.Rest.form.html	IUPACパターンの他に、研究者自身の所有する制限酵素サイトを用いて、解析結果をゲルパターン、テーブルなどにして表示します。
制限酵素解析	Webcutter http://www.ccsi.com/ firstmarket/cutter/	GenBankやNEBのREBaseともシームレスリンクしている制限酵素解析サイト。
タンパク 2次構造予測	NNPREDICT http://www.cmpharm.ucsf.edu/ ~nomi/nnpredict.html	シンプルなページ構成、重くないのがいい。
タンパク 2次構造予測	PredictProtein http://cubic.bioc.columbia.edu/ predictprotein/	タンパク質配列解析の他に、構造解析も可能なサイト。一度に複数の解析が出来る(マルチプルアライメント)ので、得られる情報が多い。英語サイト。
タンパク質 3次構造予測	SWISS-MODEL http://swissmodel.expasy.org/ /SWISS-MODEL.html	ガイド、ヘルプが充実しており、初心者でも使いやすい。
アミノ酸配列のモチーフ検索	MOTIF http://motif.genome.jp/	GenomeNetが運営するサイト。
アミノ酸配列のモチーフ検索	PRINTS http://www.bioinf.man.ac.uk/ dbbrowser/PRINTS/	モチーフ検索以外にも、タンパクに関する検索機能が多く存在する。
アミノ酸配列のモチーフ検索	BLOCKS http://blocks.fhcrc.org/	FHCR(Fred Hutchinson Cancer Research Center)が運営するサイト。モチーフ検索以外の解析ツールもヘルプが充実している。
アミノ酸配列のモチーフ検索	PPSeach http://www.ebi.ac.uk/ppsearch/	EBIが運営するサイト。多くのデータを持つEMBL-EBIにより、モチーフ検索の精度が高い。
アミノ酸配列のモチーフ検索	PROSITE http://www.expasy.ch/prosite/	ExPASy内にあるモチーフ検索ツール。モチーフ検索以外にも、論文名、著者名などからモチーフを検索することが出来る。英語サイト
タンパク質局在予測	PSORT http://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/	細胞内のタンパクの局在を予測するサイト。
タンパク質局在予測	SignalP http://www.cbs.dtu.dk/ services/SignalP/	様々な原核、真核生物に存在するシグナルペプチドの局在部位を、アミノ酸配列中の切断部位から予測するサイト。英語サイト