 ホモロジー検索
国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センター内で運営。
BLAST、FASTA、SSEACHなどの多くの解析ツールが利用できる。
European Bioinformatics Instituteが運営。
BLAST、FASTA、Smith＆Watermanなどの解析ツールを利用可能。
NCBI（National Center for Biotechnology Information）が運営。
BLASTなどの他に、ORF予測ツールなどの解析ツールが利用可能。
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターが運営。
BLAST等、化合物、糖鎖に関するツールなど多くの解析ツールが利用可能。
プライマーデザイン
NIH(National Institutes of Health)等が共同で開発したプライマーデザインのサイト。
SGD(Saccharomyces Genome Database)が運営。
アミノ酸配列からプライマーを設計する専門サイト。
Integrated DNA Technologiesが運営。Basic、Standard、Advanceと目的に応じて解析項目を選択可能。
GeneFisher Teamが運営。
RNAi＆siRNAデザイン
高効率なsiRNAのオンラインデザインサイト
siRNAのデザインプログラム。Erik Sonnhammer's Bioinformatics Groupが運営。
Basic、Standard、Advanceと目的に応じて解析項目が選択可能なRNAiデザインサイト。
ORFの予測
NCBI（National Center for Biotechnology Information）が運営。
Exon領域予測
ORNL(Oak Ridge National Laboratory)が運営。Exon領域予測の他にも様々な解析ツールを掲載。
バクテリア・真核生物・ウイルスなどの生物種を選んで領域予測が可能。
FBS(Frontiers in Bioscience)が運営。解析ツールの他に、FBSの論文検索可能。
ゲノムDNAにおいて完全な遺伝子構造の識別が可能。
シロイヌナズナのスプライスサイト検索ページ。
ISU(Iowa State Univercity)が運営。バイオインフォマティクス専用サイト。
Exon領域予測以外にも解析ツールを掲載。
GC含量が高いバクテリアのcoding region予測サイト。
GeneHackerは原核生物の未知ゲノム配列に対して、遺伝子領域の予測を行なうシステム。
制限酵素解析
IUPACパターンの他に、研究者自身の所有する制限酵素サイトを用いて、解析結果をゲルパターン、テーブルなどにして表示できる。
GenBankやNEBのREBaseともシームレスリンクしている制限酵素解析サイト。
タンパク2次構造予測
タンパク質2次元構造予測の専門サイト。
タンパク質配列解析の他に、構造解析も可能。
一度に複数の解析が出来る（マルチプルアライメント）により、取得情報量が豊富。
タンパク質3次構造予測
タンパク質3次構造予測が可能。
アミノ酸配列のモチーフ検索
GenomeNetが運営。
モチーフ検索以外にも、タンパクに関する検索機能を多く掲載。
FHCR（Fred Hutchinson Cancer Research Center）が運営。モチーフ検索以外の解析ツールも掲載。
EBIが運営。多くのデータを持つEMBL-EBIにより、モチーフ検索の精度が高い。
ExPASy内にあるモチーフ検索ツール。論文名、著者名などからモチーフの検索も可能。
タンパク質局在予測
細胞内のタンパクの局在を予測するサイト。
様々な原核、真核生物に存在するシグナルペプチドの局在部位をアミノ酸配列中の切断部位から予測。
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