発現解析を発展させる技術！（マイクロアレイ編）（３／６）

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発現解析を発展させる技術！（マイクロアレイ編）（３／６ page）

マイクロアレイのTOPIX
・マイクロアレイの原理
・マイクロアレイの作成法（フォトリグラフ法・スタンフォード法・3次元アレイ）
・マイクロアレイのアプリケーション
・機器選定のポイント
・励起光源に各種ランプを用いる機器 / 励起光源にレーザーを用いる機器
・マイクロアレイヤー（ピンタイプマイクロアレイヤー / ノズルタイプマイクロアレイヤー）
・自動ハイブリダイゼーション装置

◆アプリケーション

アプリケーションとそれに使用されるアレイの種類
アプリケーション例	使用されるアレイの種類
複数の遺伝子発現量の解析	全種類のアレイで解析可能
複数遺伝子のSNPsタイピング	全種類のアレイで解析可能

DNAマイクロアレイ（DNAチップ）でも、単一/複数のmRNAの増減を捕らえる遺伝子発現量の解析の他に、その情報を利用したクラスター解析、バイオインフォマティクスも盛んに行われています。また、SNPsのタイピングも出来るような試薬・機器（ソフトウェア）も多数存在しています。

◆機器選定のポイント

これまでアレイの種類とその特徴について説明してきましたが、もちろんアレイだけでは実験は出来ません。サンプルに適したアレイを用意するとともに目的に応じた機器を選択することも、正確なデータを得るためにまた必要なことです。ここからはマイクロアレイ解析に関する機器として、アレイを解析するためのアレイリーダー、アレイを作製するアレイヤー、そしてアレイをハイブリ処理するための自動ハイブリダイゼーション装置について、その特徴を交えながら紹介したいと思います。

マイクロアレイリーダー

マイクロアレイリーダーには、サンプルを励起させる光源、サンプルからの励起光を検出するための検出器がありそれぞれに特長がありますが、ここでは励起光光源ごとに製品を分けてみたいと思います。検出システムの特長については、リアルタイムPCR装置と同様なので割愛させて頂きますが、機器選定における項目の一つとして、１点注意する点があります。

顕微鏡観察などをされている方にはなじみのあることですが、励起光・放射光検出における焦点調節機能がマイクロアレイリーダーにとっても重要となります。殆どの機器で共焦点スキャンが標準搭載されていますが、一部の機器では未対応のものもあります。

共焦点スキャニングはノイズの低減、退色防止に効果があり、実験精度に大きく貢献しますが反面コストがかさみ、機器セッティングに時間のかかるものもあります。非共焦点スキャンではその反対に低コストですが精度は共焦点スキャンに劣ります。高密度アレイを解析する場合には、共焦点スキャンは必須となりますので注意が必要です。

メンテナンスについてですが、光学系はマニュアル通りに使用している限り（イマルジョンオイルを使用する場合を除く）汚れは付着しないので、特に必要ないと思います。ただ、スライドを載せるステージは汚れやすいのでこまめに掃除をしましょう。ランプ・レーザーは消耗しますので、交換が必要となります。交換時期はセンサーで自動的にチェックしてくれるので、その指示に従うと良いでしょう。

励起光源に各種ランプ用いる機器

メリット	デメリット
フィルターを変えることにより、１つのランプで様々な波長の励起光を出力できる。	（レーザーと比べて）励起光の明るさが低い。
レーザーと比べてコンパクト、冷却時の騒音も少ない。	共焦点スキャニングに用いるには、複雑な光学系で光軸をそろえる必要があり、装置が大型化する。
-	上記デメリットにより、解析に時間がかかる場合がある

こんな研究者にお勧め

精度はほどほどで低コスト・コンパクトに研究したい場合

実験サンプルが少なく、たまに使用する場合

ランプを用いた機器は
アプライドバイオシステムズ、GEヘルスケアバイオサイエンス

【順不同/（株）は略】

などが販売しています。

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