SYBR green Iは２本鎖DNAにインターカレートし、DNAと結合した分子のみが励起光で励起される特徴を持つ。そのため、PCR反応で合成された２本鎖DNAを検出することが出来る。ただし、SYBR green IのDNA結合は配列非特異的反応のため、プライマーダイマーや非特異的増幅産物にも結合し、シグナルを発することがある。
インターカレーター法は、２本鎖DNAに結合する色素（主にSYBR Green I）をPCR反応液に混ぜ、ポリメラーゼによって合成された2本鎖DNAを検出する方法です。（図２）
インターカレーター法では、『遺伝子ごとに専用プローブが必要なく、実験コスト、プローブ構築の手間が省ける』のがメリットになります。
反面、蛍光色素は2本鎖DNA全てを検出するため、プライマーダイマーやミスプライミングによる増幅産物も同時に検出してしまいます。
そのため、検出特異性はこの後に紹介する蛍光プローブ法に劣ります。また、複数遺伝子を同時に解析するマルチカラー解析は出来ません。
